按蚊防御素基因家族轉(zhuǎn)錄模式和啟動子的生物信息學(xué)分析

運(yùn)用生物信息學(xué)方法分析岡比亞按蚊(Anopheles gambiae)中防御素基因家族的表達(dá)模式和啟動子保守區(qū).在ENSEMBL數(shù)據(jù)庫中搜索防御素基因家族序列,然后將基因編號輸入angaGEDUCI數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行分析.結(jié)果在岡比亞按蚊中存在有4個防御素基因的異構(gòu)體分子,其中DEF1基因表達(dá)模式與其它3個基因存在明顯差異.4個防御素基因啟動子序列都存在AP-1、CATA-1、CCN4、GR、HNF-3B、TFIID 6個轉(zhuǎn)錄因子的識別結(jié)合位點(diǎn),表明這6個轉(zhuǎn)錄因子是岡比亞按蚊防御素基因家族表達(dá)調(diào)控所必需的.值得注意的是,DEF1基因啟動子序列中存在與性別決有關(guān)的SOX proteins轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn).暗示DEF1基因的轉(zhuǎn)錄調(diào)控可能與性別分化有關(guān);而在DEF2基因啟動子序列中存在有熱激因子(HSTF)的識別結(jié)合位點(diǎn),表明熱刺激會調(diào)控DEF2基因的表達(dá).

作 者： 劉紅美 吳建偉 LIU Hong-mei WU Jian-wei   作者單位： 劉紅美,LIU Hong-mei(貴陽醫(yī)學(xué)院醫(yī)學(xué)生物技術(shù)教研室,貴州,貴陽,550004)

吳建偉,WU Jian-wei(貴陽醫(yī)學(xué)院寄生蟲學(xué)教研室,貴州,貴陽,550004) 

刊 名： 生物信息學(xué)  ISTIC 英文刊名： CHINA JOURNAL OF BIOINFORMATICS  年，卷(期)： 2008 6(3)  分類號： Q969.92  關(guān)鍵詞： 防御素   岡比亞按蚊   轉(zhuǎn)錄模式   轉(zhuǎn)錄因子  

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