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全基因組預(yù)測(cè)目標(biāo)基因的新方法及其應(yīng)用
運(yùn)用隱馬爾可夫模型, 利用Perl編程, 以幾種模式生物的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)為基礎(chǔ), 構(gòu)建了目標(biāo)基因的全基因組預(yù)測(cè)的新方法.該方法具有高通量, 準(zhǔn)確度高且操作簡(jiǎn)易等優(yōu)點(diǎn), 特別在多結(jié)構(gòu)域蛋白家族預(yù)測(cè)上更顯優(yōu)勢(shì).應(yīng)用該方法對(duì)幾種模式生物的全基因組PPR和TPR蛋白家族進(jìn)行了預(yù)測(cè), 其中粳稻日本晴中含有536個(gè)PPR蛋白、199個(gè)TPR蛋白;秈稻9311中含有519個(gè)PPR蛋白、177個(gè)TPR蛋白;擬南芥中含有735個(gè)PPR蛋白、292個(gè)TPR蛋白;紅藻中6個(gè)PPR蛋白、32個(gè)TPR蛋白;藍(lán)細(xì)菌以及古細(xì)菌中沒(méi)有PPR蛋白, 但藍(lán)細(xì)菌含有10個(gè)TPR蛋白, 古細(xì)菌有4個(gè)TPR蛋白, 并對(duì)所得結(jié)果進(jìn)行了進(jìn)一步生物信息學(xué)分析.
馮晶,FENG Jing(武漢大學(xué)高科技研究與發(fā)展中心,武漢,430072)
刊 名： 遺傳 ISTIC PKU 英文刊名： HEREDITAS(BEIJING) 年，卷(期)： 2006 28(10) 分類(lèi)號(hào)： Q3 關(guān)鍵詞： 基因預(yù)測(cè) Perl HMM 全基因組 PPR TPR【全基因組預(yù)測(cè)目標(biāo)基因的新方法及其應(yīng)用】相關(guān)文章：
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