哺乳動物驅動蛋白的計算基因組學分析與鑒定

提供了一種新穎的、基于比較基因組學方法的全長驅動蛋白預測方法(full-length kinesin prediction program,FKPP),用于哺乳動物中驅動蛋白質組的鑒定與研究.之前的預測認為,哺乳動物共含94個驅動蛋白,而用FKPP從哺乳動物的基因組中總共鑒定出134個可能的驅動蛋白基因.基于數(shù)據庫中存在的片段序列,用FKPP鑒定出25個可能的全長驅動蛋白.此外,用FKPP方法發(fā)現(xiàn)人的動點馬達蛋白CENP-E應包含2701個氨基酸,而不是當初根據克隆預測的2663個氨基酸.通過對CENP-E的cDNA進行重測序,并同時采用特異性識別FKPP預測的CENP-E多肽抗體予以實驗評估,結果表明,FKPP預測的CENP-E氨基酸序列是正確的.為此,本研究利用FKPP對哺乳動物的驅動蛋白進行了重新分類.鑒于目前公共數(shù)據庫含有較多非全長序列的蛋白片段,FKPP可提供一個具有顯著效率且準確新穎的全長序列預測手段,用于驅動蛋白以及其他蛋白家族的分子鑒定.

作 者： 薛宇 劉丹 符傳孩 竇震 周慶 姚雪彪   作者單位： 薛宇,劉丹,符傳孩,竇震,姚雪彪(中國科學技術大學細胞動力學實驗室及合肥微尺度物質科學國家實驗室,合肥,230027)

周慶(中國科學技術大學細胞動力學實驗室及合肥微尺度物質科學國家實驗室,合肥,230027;浙江大學農學院,杭州,310003) 

刊 名： 科學通報  ISTIC PKU 英文刊名： CHINESE SCIENCE BULLETIN  年，卷(期)： 2006 51(14)  分類號： Q95  關鍵詞： 驅動蛋白   比較基因組學   CENP-E   全長驅動蛋白預測方法(FKPP)  

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